測試調用測試設計Survival生存曲線繪制軟件環境微生物多樣性軟件轉錄組分析軟件轉錄組軟件購買重測序軟件環境微生物多樣性軟件(1)桌面軟件中藥空間代謝組學檢測中藥非靶代謝組檢測中藥活性成分鑒定中藥入血/入靶成分分析中藥組學ATAC-seqCHIP-seqHi-C測序基因調控OmicsBeanMicrobe Trakr(微生物基因組鑒定分析工具)網頁分析系統WEB分析系統澳洲血清 BovineBD科研管KAPAQIAGENThermoFisherMVE液氮罐4titude? 樣品管標記系統Hi-C建庫試劑盒及基因組組裝軟件無血清細胞凍存液Cell Freezing Medium納米流式檢測儀lexogen支原體檢測試劑盒儀器試劑耗材數據庫開發數據中心TCGA生存數據包功能醫學報告系統開發PlantArray植物生理組平臺特色服務單細胞測序空間轉錄組測序空間代謝組DSP空間蛋白質組FFPE石蠟包埋組織單細胞轉錄組解決方案:10×Flex空間多組學類器官葉綠體、線粒體基因組測序染色體級別基因組組裝Hi-C建庫基因芯片一代測序動植物基因組de novo測序細菌基因組測序真菌基因組測序病毒基因組測序簡化基因組遺傳圖譜測序簡化基因組GWAS測序基因組重測序表觀組基因分型外顯子捕獲目標區域捕獲簡化基因組遺傳圖譜性狀定位掃描圖DNA中5-hmC圖譜測定全基因組甲基化測序真菌基因組掃描圖測序epiGBS-簡化甲基化BSA混池測序基因組SSR開發基因組(DNA)UMI-RNAseq轉錄組測序真核有參轉錄組測序真核無參轉錄組測序原核鏈特異性轉錄組測序全轉錄組測序circRNA測序Lnc RNA測序Small RNA測序circRNA芯片表達譜芯片m6A甲基化測序互作轉錄組測序降解組測序UMI-RNAseqSLAM-seq測序(RNA代謝測序)轉錄組(RNA)三代全長擴增子Meta-Barcoding(eDNA)技術研究微生物多樣性二代測序宏基因組測序宏基因組Binning分析宏基因組抗性基因測序HiC-Meta宏基因組宏轉錄組差異表達測序宏病毒組測序環境DNAHiFi-Meta宏基因組腸道菌群臨床檢測基于腸道菌群檢測和移植的腸道微生態學科建設宏基因組元素循環測序三代宏基因組宏基因組免疫球蛋白測序(Mig-seq)腸道宏基因組絕對定量醫學宏病毒組測序微生物組蛋白組代謝組抗體芯片Raybiotech芯片蛋白芯片蛋白芯片中藥代謝組ENGINE-生物標志物檢測服務ENGINE-抗體特異性服務4D蛋白質組Raybiotech芯片OLINK精準蛋白質組學解決方案常規定量蛋白質組蛋白質組定性分析靶向蛋白質組學修飾蛋白質組學非靶向代謝組學靶向代謝組學脂質組學新一代代謝組學 NGM ProLenioBio無細胞蛋白表達系統ALAMAR超靈敏蛋白組學及蛋白標志物轉化平臺超高深度血液蛋白質組蛋白和代謝組GC-MS全代謝組LC-MS全代謝組靶向代謝組脂質組學代謝組學反向色譜柱原理的DNA/RNA提取技術分子生物學CRISPR基因編輯細胞定制細胞株構建iPS構建CRISPR/Cas9DNA甲基化修飾細胞FAQ基因編輯切片圖像掃描組織芯片免疫組化微量基因組建庫專家病理切片數字存檔多色免疫熒光組織透明化技術服務病理形態學數據陪護擴增子時序分析基因突變體克隆動物中心小動物疾病模型構建和檢測服務基因編輯小鼠動物實驗支原體污染檢測服務細胞系遺傳背景鑒定細胞系鑒定外泌體全轉錄組測序外泌體分離與鑒定PBA單外泌體鄰近編碼技術PBA單外泌體蛋白質組學分析服務PBA單外泌體蛋白組樣本指南PBA外泌體免疫相關文獻外泌體專題甲基化APOBEC偶聯甲基化測序ACE-seq焦磷酸測序cfDNA甲基化測序DNA甲基化測序850K甲基化芯片935K甲基化芯片全基因組甲基化測序(WGBS)簡化基因組甲基化測序 (RRBS)目標區域甲基化測序 (Targeted Bisulfite Sequencing)甲基化DNA免疫沉淀測序 (MeDIP-seq)氧化-重亞硫酸鹽測序 (oxBS-seq)TET-重亞硫酸鹽測序(TAB-seq)5hmC-Seal,超高靈敏度的羥甲基化檢測羥甲基化免疫共沉淀測序 (hMeDIP-seq)DNA 6mA免疫沉淀測序 (6mA-IP Seq)甲基化專題RNA修飾研究專題免疫印跡(Western-blot)技術服務定量Western檢測Simoa單分子免疫分析qPCRCNVSNPPGM測序PCR array數字PCR精準檢測ATAC-SeqChIP-SeqRIP-Seq基因調控Ribo-seq核糖體印跡測序技術Active Ribo-seq活躍翻譯組測序技術翻譯組數據分析數據庫構建數據價值提升10x官方發布樣本準備樣本要求樣本取材以及樣本編號技巧精簡版細胞庫組織庫動物模型轉錄組樣本準備蛋白組樣本準備代謝組樣本準備Hi-C單細胞與空間轉錄組單細胞懸液外泌體Raybiotech蛋白芯片Simoa樣本準備PBA單外泌體樣本準備ASA基因分型芯片樣本準備NULISA超靈敏蛋白組樣本準備Olink 精準蛋白組樣品準備CyTOF質譜流式樣本準備樣本準備要求表單留言板SaaS 幫助搜索Mac谷歌瀏覽器2019國自然基金查詢生信相關工具集合數據分析項目信息單提交資料分享核酸抽提產品資料轉錄組軟件教學視頻微生物多樣性軟件教學視頻Lexogen產品培訓視頻Olink精準蛋白組學專題在線學習空間轉錄組文獻PBA單外泌體蛋白組文獻NULISA微量蛋白檢測文獻OLINK精準蛋白組文獻項目進度個人中心會員登錄會員注冊購物車聯系我們公眾號手機商城公司愿景知識分享文獻展示
當前位置
單細胞測序樣本準備指南——細胞消化懸浮方案

注意事項:

解剖小鼠,取其具體靶器官時,一般采取斷頸的方式,優勢是處理快速、方法通用,但會引起體內局部(尤其是胸腔)內凝血,對心臟、主動脈和肺等組織有一定影響;解剖過程,務必快速準確,盡量減少細胞活性的損失。

沖洗過程,一般采用預冷的生理鹽水/PBS/D-Hanks`液/RPMI-1640等液體。此步驟注意兩點:預冷+維持細胞活性的“液體”。一般情況下,建議RPMI-1640添加FBS至10%終體積(其實就是完全培養液)。也有老師用終濃度1-5%的BSA,其實作用都是為了提高細胞懸液制備過程中的細胞活性。

剪碎過程,注意兩點:快速+越小越碎越好。可以準備一次性的平皿,提前注入5-10 ml預冷的完全培養液,在預冷環境中剪碎組織。

膠原酶消化,這一步注意事項較多。首先,明確適用于該組織的膠原酶,詳細情況見上面表格;一般情況下,IV型最通用,但特殊類型的組織用單一類型的酶效果更好;另外,根據研究目的,如果樣品所處微環境組織類型復雜,可以配成混合型的膠原酶,如II+IV型;第二,使用終濃度,我們整理了20+的CNS文章,發現有作者用質量濃度mg/ml,也有的用活性單位濃度UI/ml,考慮到各公司貨品單位質量對應的活性不同,建議以活性單位濃度UI/ml為基準。大多數的II或IV型膠原酶的使用濃度為100-200UI/ml。最后,注意消化時間。一般情況下,膠原酶在37條件下活性最強,消化時間為20-30 min;也有文章在處理腫瘤組織時,消化4 h甚至過夜。不敢多想,深表懷疑。另外,也有老師喜歡用4消化過夜的方式,細胞數量和活性也都還不錯,可以嘗試,但可能不會通用于所有類型的組織。

終止酶的消化,一般來說都是加入血清的。但是,由于膠原酶本身不受血清影響,因此,只能采用離心—棄上清—加培養液重懸的“素質三連”來洗去殘留的膠原酶。至于細胞碎片,這一步基本上都是通過低轉速短時間離心的方式進行的,基本上300 g,5 min即可。既保證活細胞離心收集,又保證細胞碎片懸浮在上清中被棄掉。如果,老式離心機只能調節轉速(rpm),沒有g這一選項的話,一般情況下是1000-1500 rpm。

紅細胞裂解,這一步其實很糾結。先說結論,該裂還是要裂的,不過盡量在初步分離細胞的時候把紅細胞去除干凈。不過,像心臟和肝臟這樣的組織,本身紅細胞含量就超級高,裂紅在所難免。至于為什么糾結,因為有些細胞類型被裂紅試劑處理后,會發生聚集并收縮在一團,用移液器輕微的吹打不容易將其分開,會影響后續實驗的單細胞得率。

最終,在檢測細胞活性/數量的時候,要么走經典路線,光學顯微鏡+細胞計數板+臺盼藍;要么走高科技路線,活/死細胞熒光染料染色后全自動計數儀操作。這里不建議用臺盼藍染色,再全自動計數的儀器,貴不貴不是最重要的,關鍵是不準確,且批次間可重復性太低,低到你崩潰。明明鏡下觀察活性相當客觀,為何全自動說細胞都掛了呢,不思其解。問了周圍的小伙伴,以及銷售器材的一些朋友,確實也有不少人碰到過這一情況。

最后,給大家提一些單細胞懸液制備的注意事項:

1) 針對具體組織類型選對酶,以及使用濃度;多種類型組織共存,可配置混合型酶反應液;提前摸索活性濃度;

2) 酶干粉配置母液時要含有Ca2+離子才能激活活性;

3) 需要預冷的,需要室溫的,或者需要37的,都提前準備好。一般情況下,酶消化用37,其他分離過程用4減少活性損失(包括離心);

4) 組織剪的越小,分離效果越好;

5) 離心機**是帶g的,300 g+5 min通用全程;不帶g的話,1000-1500rpm即可,轉速過高,細胞活性會受影響,碎片也越多。