微生物多樣性測(cè)序，又名擴(kuò)增子測(cè)序，是對(duì)特定長(zhǎng)度的PCR產(chǎn)物或者捕獲的片段進(jìn)行測(cè)序，主要包括16S rDNA測(cè)序、18S rDNA測(cè)序、ITS測(cè)序及目標(biāo)區(qū)域擴(kuò)增子測(cè)序等。采用第二代高通量測(cè)序平臺(tái)測(cè)定的16S/18S /ITS某個(gè)高變區(qū)域的序列，來(lái)反應(yīng)環(huán)境樣品在細(xì)菌、真菌、古菌分類方面物種之間的差異，對(duì)研究海洋、土壤、腸道糞便等環(huán)境中的微生物構(gòu)成有重要的指導(dǎo)作用。

云生物根據(jù)不同的研究目的和需求，擴(kuò)增子測(cè)序可以細(xì)分為如下4個(gè)產(chǎn)品：

16S rDNA測(cè)序：16S rDNA為編碼原核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列，主要進(jìn)行細(xì)菌或古菌的多樣性分析。細(xì)菌核糖體RNA（rRNA）有三種類型：5S rRNA（120bp）、16S rRNA（約1540bp）和23S rRNA（約2900bp）。5S rRNA基因序列較短，包含的遺傳信息較少，不適于細(xì)菌種類的分析鑒定；23S rRNA基因的序列太長(zhǎng)，且其堿基的突變率較高，不適于鑒定親緣關(guān)系較遠(yuǎn)的細(xì)菌種類；16S rRNA普遍存在于原核細(xì)胞中，且含量較高、拷貝數(shù)較多（占細(xì)菌RNA總量的80%以上），便于獲取模板，功能同源性高，遺傳信息量適中，適于作為細(xì)菌多樣性分析的標(biāo)準(zhǔn)。16S rRNA編碼基因序列共有9個(gè)保守區(qū)和9個(gè)高可變區(qū)。其中，V4-V5區(qū)其特異性好，數(shù)據(jù)庫(kù)信息全，是細(xì)菌多樣性分析注釋的**選擇。

18S rDNA測(cè)序：18S rDNA為編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列，反映樣品中真核生物之間的種類差異。與細(xì)菌多樣性分析類似，在真核微生物中也有三類核糖體RNA（rRNA），包括5.8S rRNA、18S rRNA和28S rRNA。18S rRNA基因是編碼真核生物核糖體小亞基的DNA序列，其中既有保守區(qū)，也有可變區(qū)（V1-V9，沒有V6區(qū)）。保守區(qū)域反映了生物物種間的親緣關(guān)系，而可變區(qū)則能體現(xiàn)物種間的差異，適用于作種級(jí)及以上的分類標(biāo)準(zhǔn)。其中，V4區(qū)使用最多、數(shù)據(jù)庫(kù)信息最全、分類效果**，是18S rRNA基因分析注釋的**選擇。

ITS測(cè)序：該類測(cè)序主要對(duì)環(huán)境微生物中的真菌多樣性進(jìn)行分析。包含兩個(gè)區(qū)域：ITS1位于真核生物核糖體rDNA序列18S和5.8S之間；ITS2位于真核生物核糖體rDNA序列5.8S和28S之間。 ITS序列是內(nèi)源轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)（Internally Transcribed Spacer），位于真菌18S、5.8S和28S rRNA基因之間，分別為ITS 1和ITS 2。在真菌中，5.8S、18S和28S rRNA基因具有較高的保守性，而ITS由于承受較小的自然選擇壓力，在進(jìn)化過程中能夠容忍更多的變異，在絕大多數(shù)真核生物中表現(xiàn)出極為廣泛的序列多態(tài)性。同時(shí)，ITS的保守型表現(xiàn)為種內(nèi)相對(duì)一致，種間差異較明顯，能夠反映出種屬間，甚至菌株間的差異。并且ITS序列片段較?。?/span>ITS 1和ITS 2長(zhǎng)度分別為350 bp和400 bp），易于分析，目前已被廣泛用于真菌不同種屬的系統(tǒng)發(fā)育分析。

功能基因擴(kuò)增子測(cè)序：根據(jù)客戶的研究需求，基于功能基因/持家基因/靶基因等，對(duì)特定基因的PCR產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序。在自然界的各類環(huán)境中，都有微生物的存在，它們?cè)诟髯缘摹皪徫弧鄙隙及l(fā)揮著或大或小、或多或少的作用。有一些具有特殊功能的微生物，由于其作用的重要性或特殊性而受到人們的廣泛關(guān)注，這些具有特殊功能的微生物叫做功能微生物，如氨氧化細(xì)菌、硫細(xì)菌、硝化細(xì)菌等。它們?cè)诜诸悓W(xué)上有可能差異很大，但卻具有相同或類似的基因使其能夠發(fā)揮同樣的作用。支配這些功能細(xì)菌發(fā)揮重要功能的基因被稱為功能基因，如amoA、dsrB、nxrA。目前微基生物已收集GeneBank中所有已知功能基因的序列及其對(duì)應(yīng)的種屬信息，構(gòu)建自己的功能基因數(shù)據(jù)庫(kù)。