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當(dāng)前位置
m6A甲基化測序
背景簡介 近年來RNA上修飾逐漸成為研究的熱點,包括N6甲基腺苷修飾(m6A)、N1甲基腺苷修飾(m1A)、甲基胞嘧啶修飾(m5C)、假尿苷修飾(Ψ)等。作為mRNA中最常見的甲基化修飾,m6A主要富集在mRNA的啟動子區(qū)、終止密碼子區(qū)附近。作為一種可逆化修飾,RNA既可以在甲基化轉(zhuǎn)移酶的作用下發(fā)生m6A甲基化修飾,又可以在FTO、ALKBH5等酶的作用下發(fā)生去甲基化修飾。 已知mRNA 5’ UTR處的甲基化修飾,作用包括維持mRNA穩(wěn)定性、mRNA前體剪切、多腺苷酸化、mRNA運(yùn)輸與翻譯起始等。而3’ UTR 發(fā)生的修飾有助于出核轉(zhuǎn)運(yùn)、翻譯起始,以及與polyA結(jié)合蛋白一起維持mRNA的結(jié)構(gòu)穩(wěn)定。另外RNA甲基化閱讀蛋白還能識別miRNA初級體上的m6A修飾,有助于miRNA成熟體的加工。一旦參與m6A修飾的酶出現(xiàn)異常會引起一系列疾病,包括腫瘤、神經(jīng)性疾病、胚胎發(fā)育遲緩等。
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技術(shù)路線
分析內(nèi)容 1、測序序列統(tǒng)計與質(zhì)控 2、參考基因組比對:參考基因組比對Reads統(tǒng)計,參考基因組比對區(qū)域分布,測序數(shù)據(jù)比對分布 3、全基因組Peak掃描:Peak calling,Peak 注釋 4、差異Peak分析:差異Peak信息統(tǒng)計,差異Peak基因GO富集分析,差異Peak基因KEGG富集分析 5、Motif分析
樣本要求 組織濕重:推薦800mg起,心肝脾>腦肺腎>骨 細(xì)胞樣本:推薦5x107起 總RNA量:total RNA>200ug,mRNA約為10-30ug起 由于物種及樣本類型不一,具體送樣量請咨詢我司技術(shù)人員。 近期用戶文章 1.Alarcón C R, Goodarzi H, Lee H, et al. HNRNPA2B1 Is a Mediator of m(6)A-Dependent Nuclear RNA Processing Events.[J]. Cell, 2015, 162(6):1299-1308. 2. Alarcón C R, Lee H, Goodarzi H, et al. N6-methyl-adenosine (m6A) marks primary microRNAs for processing[J]. Nature, 2015, 519(7544):482. |