羥甲基化5hmC是被認(rèn)為是哺乳動(dòng)物基因組上的第六堿基，在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復(fù)雜疾病及腫瘤發(fā)生過(guò)程中起重要作用。

全基因組羥甲基化APOBEC偶聯(lián)測(cè)序(ACE-seq)

——低成本羥甲基化5hmC單堿基分辨率方案！

羥甲基化5hmC是被認(rèn)為是哺乳動(dòng)物基因組上的第六堿基，在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復(fù)雜疾病及腫瘤發(fā)生過(guò)程中起重要作用。盡管OX-BS能夠區(qū)分5hmC和5mC進(jìn)行羥甲基化的研究，但兩個(gè)文庫(kù)的制備測(cè)序成本依然過(guò)高。針對(duì)5hmC研究隆重推出新一代羥甲基化檢測(cè)產(chǎn)品?APOBEC-coupled epigenetic sequencing（ACE-seq）！使用AID/APOBEC家族DNA脫氨酶APOBEC3A（A3A）進(jìn)行脫氨，能夠特異地脫去C及5mC的氨基使其變?yōu)閁，在全基因組單堿基水平對(duì)5hmC進(jìn)行高靈敏度的檢測(cè)。

技術(shù)優(yōu)勢(shì)

重點(diǎn)技術(shù)產(chǎn)品，用心服務(wù)每一個(gè)項(xiàng)目

專(zhuān)注表觀組學(xué)10年，提供專(zhuān)業(yè)有價(jià)值的DNA甲基化完整解決方案；

較早開(kāi)發(fā)羥甲基化測(cè)序技術(shù)的團(tuán)隊(duì)，國(guó)內(nèi)較早推出多種組合的解決方案；

嚴(yán)格的ACE-seq文庫(kù)構(gòu)建質(zhì)控，轉(zhuǎn)化率>99%；

已完成多種腫瘤及哺乳動(dòng)物羥甲基化測(cè)序及ACE-seq測(cè)序分析；

助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文。

樣本類(lèi)型和要求

數(shù)據(jù)信息分析

案例分析1：小鼠胚胎干細(xì)胞的羥甲基化研究

Dynamics of DNA hydroxymethylation and methylation during mouse embryonic and germline development. Nat Genet 55, 130–143 (2023)

研究背景：在哺乳動(dòng)物中，DNA 5-羥甲基胞嘧啶(5hmC)參與了胚胎早期發(fā)育過(guò)程中的甲基化重編程。然而，5hmC在多大程度上參與全基因組甲基化重編程仍然是未知的。

研究材料：小鼠胚胎細(xì)胞(C57BL/6J)

研究方法：ACE-seq、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNA-Seq)

研究結(jié)果：

1、親代等位基因特異性描述了小鼠早期胚胎和生殖細(xì)胞中的5hmC景觀

2、與受精卵的新生甲基化或維持性甲基化相比，DNA羥甲基化與DNA去甲基化的相關(guān)性更強(qiáng)；

3、小鼠受精卵中Dnmt1/Uhrf1的異常核定位導(dǎo)致DNA復(fù)制偶聯(lián)被動(dòng)去甲基化缺陷和5hmC沉積受損；

研究結(jié)論：

表征了小鼠早期胚胎和生殖細(xì)胞中的5hmC景觀，揭示了全基因組5-甲基胞嘧啶(5mC)維持與tee介導(dǎo)的氧化之間的差異。

圖1 小鼠早期胚胎和生殖系細(xì)胞DNA羥甲基組研究的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)

圖2 E6.5胚泡至E13.5 PGCs外胚層細(xì)胞中5hmC的動(dòng)態(tài)變化