WGBS單鏈建庫送樣要求

一、   送樣類型

基因組DNA、細胞、全血、動植物組織

二、   保存方式

基因組 DNA、細胞、全血、動植物組織：放-20℃冰箱中保存(2年以內)，或者放-80℃冰箱中長期保存(5年以內)；保存期間避免反復凍融。

三、   運輸條件

1、基因組 DNA：冰袋或者干冰運輸；

2、細胞、全血、組織樣本：干冰運輸，順豐陸運（3-4天時間），夏季 10-15公斤干冰；秋冬季 10公斤干冰；

四、   樣本量要求

1、基因組 DNA：常規WGBS，總量不少于0.5-1ug，濃度不低于 25ng/ul。

1）提供樣本 DNA完整性質檢結果，例如瓊脂糖凝膠電泳或者 Agilent 2100電泳等；

2）提取基因組 DNA，要加 RNA酶，去除 RNA污染；

3）提取基因組 DNA，溶到 TE或者 elution buffer, 避免溶解到純水；

4）提供 Qubit檢測濃度，基于 OD值的檢測方法，例如 NanoDrop,會嚴重高估濃度。

2、細胞樣本：常規WGBS，不少于 1x10*6個細胞

1）收集貼壁或者懸浮細胞、使用預冷的 1×PBS，洗滌 2次，600g離心 5分鐘；

2）最后一次離心后，盡量去除上清 PBS，保留細胞沉淀;

3、全血樣本：1-5ml外周血

使用普通 EDTA抗凝管，避免使用肝素抗凝管。

4、動植物組織：動物組織，30mg以上;植物組織，不同組織，送樣量不同

動物組織：用預冷的 1×PBS溶液洗掉組織表面殘留的血液；取不少于 30mg（綠豆大小）組織塊，放置-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中長期保存(1年以內)；

植物組織：從植物體上，取下新鮮組織，用清水將材料表面的灰塵或泥土沖洗干凈，吸干；取不少于 300mg葉片等組織，對于果實等含糖很高的組織，送樣前需要咨詢技術人員。

案例分析1: 靈長類早期著床前胚胎發育DNA甲基化重編程(團隊成員發表)

De novo DNA methylation during monkey pre-implantation embryogenesis. Cell Research. 2017;27:526-539.

一、研究方案：靈長類胚胎發生的關鍵表觀遺傳調控需要DNA甲基化重編程，我們首先建立了基于轉座酶的超微量WGBS測序技術，詳細研究了獼猴早期著床前胚胎7個階段(Sperm、Oocytes、Zygotes、2-cell、8-cell、Morula和ICM)的DNA甲基化動態變化過程。

二、研究結果：首次全面闡明了DNA甲基化動力學的“盈與虧”階段特征，并通過DNA甲基轉移酶功能缺失實驗表明DNA甲基化影響早期猴胚胎發育。

案例分析2：大豆馴化和改良過程中的DNA甲基化足跡

DNA methylation footprints during soybean domestication and improvement. Genome Biol. 2018; 10;19(1):128

研究方案：本課題通過WGBS技術比較了野生大豆、地方品種和改良品種(n=45)在大豆馴化與改良過程中DNA甲基化的變化。

研究結果：鑒定了5412個甲基化差異區域(DMR), 而這些DMR基因富集在碳水化合物代謝途徑。這為大豆不同品種間DNA甲基化提供了有價值的圖譜，拓展了大豆馴化與改良的認識。

案例分析3：血漿DNA甲基化分析提示EBV病毒相關疾病的病因

Methylation analysis of plasma DNA informs etiologies of Epstein-Barr virus-associated diseases. Nat Commun. 2019;10(1):3256.

一、研究方案：本研究通過對鼻咽癌(NPC, n=15)、EBV相關性淋巴瘤(n=9)和傳染性單核細胞增多癥患者(n=5)的血漿游離DNA進行WGBS測序分析。

二、研究結果：發現EBV DNA甲基化圖譜呈現疾病相關模式。這表明在鼻咽癌診斷中進行血漿EBV DNA甲基化分析具有重要的潛力。