鑒定microRNA（miRNA）調控的靶基因是闡釋miRNA復雜調控機制的關鍵。在生物體內，miRNA除了抑制mRNA的翻譯外，也會誘導mRNA被剪切降解，從而調控基因表達，發揮生物學功能。相比于動物，在植物中miRNA誘導基因剪切降解的方式會更為普遍。降解組測序正是利用高通量測序技術結合生物信息學手段對這些mRNA降解片段進行大規模鑒定，進而鑒定miRNA調控靶基因的技術。該技術既擺脫了僅利用生物信息學預測靶基因帶來的高假陽性，又避免了常規靶基因鑒定手段（如5’ RACE）低通量耗時耗力的不足，顯著促進了miRNA的功能研究。

降解組原理

技術優勢

     通量高：一次降解組測序即可鑒定出成百上千條miRNA作用的靶基因，遠勝于傳統的5’RACE方案

    數據質量高：提供Q30（PhredScore）以上數據，確保數據分析的準確性

    數據分析軟件優：擁有自主開發的數據分析軟件ACGT301-DEG101，并結合CleaveLand，可靠性已經過大量實驗項目檢驗

     文庫構建快速可靠：使用全新優化的文庫構建方案使得樣本起始量更少、建庫步驟更簡單、測序讀長更長，同時PCR擴增次數和割膠純化次數更少，因而能夠更真實地反映樣本降解組的豐度，進一步提高實驗數據的準確性。

服務流程

   1.個性化測序方案設計

　根據用戶的實驗要求，設計適合的測序方案

   2.樣品制備與檢測

   3.文庫制備

    4.上機測序

    5.標準數據分析

    6.進階數據分析

樣品要求

　樣本類型：完整無DNA污染的總RNA*

    樣本起始量（單次）：≥ 20 μg /樣本。若您的樣品量不足，請咨詢技術支持。

　樣本濃度：建議介于100~200 ng/μL

　樣本純度：O.D. 260/280 為 1.8~2.0，O.D. 260/230 ≥ 1.8

    樣本完整度：RIN ≥ 7，Ratio 28S/18S ≥ 0.7；某些來源樣本（如體液樣本，昆蟲樣本，水生生物樣本等）無RIN和Ratio28S/18S要求

   *我們為您提供高質量的樣本Total RNA抽提服務

服務周期

　標準流程的服務周期約為60個工作日。

案例分享

案例一：使用降解組測序鑒定野生大豆miRNA調控的靶基因

Zeng QY, Yang CY, Ma QB, Li XP, Dong WW, Nian H. (2012) Identification of wild soybean miRNAs and their target genes responsive to aluminum stress. BMC Plant Biol, 12(1), 182.

作者使用降解組測序技術并結合小RNA測序技術對鋁脅迫下的野生大豆miRNA及其調控的靶基因展開研究，共鑒定出已知miRNAs的86個靶基因和新發現miRNA的5個靶基因。上圖為miR319剪切靶基因的t-plots圖。

案例二：使用降解組測序鑒定小鼠miRNA以剪切方式調控的靶基因

Bracken,C.P., Szubert,J.M., Mercer,T.R., Dinger,M.E., Thomson,D.W., Mattick,J.S., Michael,M.Z. and Goodall,G.J. (2011) Global analysis of the mammalian RNA degradome reveals widespread miRNA-dependent and miRNA-independent endonucleolytic cleavage. Nucleic Acids Res., doi:10.1093/nar/gkr110.

　　作者使用降解組測序技術鑒定出成年小鼠組織中16個可能的miRNA剪切靶基因，其中miR-151-5p介導剪切N4BP1和let-7b介導剪切2410001C21Rik是最為顯著的，如上圖所示。