測試調(diào)用測試設(shè)計Survival生存曲線繪制軟件環(huán)境微生物多樣性軟件轉(zhuǎn)錄組分析軟件轉(zhuǎn)錄組軟件購買重測序軟件環(huán)境微生物多樣性軟件(1)桌面軟件中藥空間代謝組學(xué)檢測中藥非靶代謝組檢測中藥活性成分鑒定中藥入血/入靶成分分析中藥組學(xué)ATAC-seqCHIP-seqHi-C測序基因調(diào)控OmicsBeanMicrobe Trakr(微生物基因組鑒定分析工具)網(wǎng)頁分析系統(tǒng)WEB分析系統(tǒng)澳洲血清 BovineBD科研管KAPAQIAGENThermoFisherMVE液氮罐4titude? 樣品管標(biāo)記系統(tǒng)Hi-C建庫試劑盒及基因組組裝軟件無血清細(xì)胞凍存液Cell Freezing Medium納米流式檢測儀lexogen支原體檢測試劑盒儀器試劑耗材數(shù)據(jù)庫開發(fā)數(shù)據(jù)中心TCGA生存數(shù)據(jù)包功能醫(yī)學(xué)報告系統(tǒng)開發(fā)PlantArray植物生理組平臺特色服務(wù)單細(xì)胞測序空間轉(zhuǎn)錄組測序空間代謝組DSP空間蛋白質(zhì)組FFPE石蠟包埋組織單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組解決方案:10×Flex空間多組學(xué)類器官葉綠體、線粒體基因組測序染色體級別基因組組裝Hi-C建庫基因芯片一代測序動植物基因組de novo測序細(xì)菌基因組測序真菌基因組測序病毒基因組測序簡化基因組遺傳圖譜測序簡化基因組GWAS測序基因組重測序表觀組基因分型外顯子捕獲目標(biāo)區(qū)域捕獲簡化基因組遺傳圖譜性狀定位掃描圖DNA中5-hmC圖譜測定全基因組甲基化測序真菌基因組掃描圖測序epiGBS-簡化甲基化BSA混池測序基因組SSR開發(fā)基因組(DNA)UMI-RNAseq轉(zhuǎn)錄組測序真核有參轉(zhuǎn)錄組測序真核無參轉(zhuǎn)錄組測序原核鏈特異性轉(zhuǎn)錄組測序全轉(zhuǎn)錄組測序circRNA測序Lnc RNA測序Small RNA測序circRNA芯片表達(dá)譜芯片m6A甲基化測序互作轉(zhuǎn)錄組測序降解組測序UMI-RNAseqSLAM-seq測序(RNA代謝測序)轉(zhuǎn)錄組(RNA)三代全長擴(kuò)增子Meta-Barcoding(eDNA)技術(shù)研究微生物多樣性二代測序宏基因組測序宏基因組Binning分析宏基因組抗性基因測序HiC-Meta宏基因組宏轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)測序宏病毒組測序環(huán)境DNAHiFi-Meta宏基因組腸道菌群臨床檢測基于腸道菌群檢測和移植的腸道微生態(tài)學(xué)科建設(shè)宏基因組元素循環(huán)測序三代宏基因組宏基因組免疫球蛋白測序(Mig-seq)腸道宏基因組絕對定量醫(yī)學(xué)宏病毒組測序微生物組蛋白組代謝組抗體芯片Raybiotech芯片蛋白芯片蛋白芯片中藥代謝組ENGINE-生物標(biāo)志物檢測服務(wù)ENGINE-抗體特異性服務(wù)4D蛋白質(zhì)組Raybiotech芯片OLINK精準(zhǔn)蛋白質(zhì)組學(xué)解決方案常規(guī)定量蛋白質(zhì)組蛋白質(zhì)組定性分析靶向蛋白質(zhì)組學(xué)修飾蛋白質(zhì)組學(xué)非靶向代謝組學(xué)靶向代謝組學(xué)脂質(zhì)組學(xué)新一代代謝組學(xué) NGM ProLenioBio無細(xì)胞蛋白表達(dá)系統(tǒng)ALAMAR超靈敏蛋白組學(xué)及蛋白標(biāo)志物轉(zhuǎn)化平臺超高深度血液蛋白質(zhì)組蛋白和代謝組GC-MS全代謝組LC-MS全代謝組靶向代謝組脂質(zhì)組學(xué)代謝組學(xué)反向色譜柱原理的DNA/RNA提取技術(shù)分子生物學(xué)CRISPR基因編輯細(xì)胞定制細(xì)胞株構(gòu)建iPS構(gòu)建CRISPR/Cas9DNA甲基化修飾細(xì)胞FAQ基因編輯切片圖像掃描組織芯片免疫組化微量基因組建庫專家病理切片數(shù)字存檔多色免疫熒光組織透明化技術(shù)服務(wù)病理形態(tài)學(xué)數(shù)據(jù)陪護(hù)擴(kuò)增子時序分析基因突變體克隆動物中心小動物疾病模型構(gòu)建和檢測服務(wù)基因編輯小鼠動物實(shí)驗(yàn)支原體污染檢測服務(wù)細(xì)胞系遺傳背景鑒定細(xì)胞系鑒定外泌體全轉(zhuǎn)錄組測序外泌體分離與鑒定PBA單外泌體鄰近編碼技術(shù)PBA單外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)分析服務(wù)PBA單外泌體蛋白組樣本指南PBA外泌體免疫相關(guān)文獻(xiàn)外泌體專題甲基化APOBEC偶聯(lián)甲基化測序ACE-seq焦磷酸測序cfDNA甲基化測序DNA甲基化測序850K甲基化芯片935K甲基化芯片全基因組甲基化測序(WGBS)簡化基因組甲基化測序 (RRBS)目標(biāo)區(qū)域甲基化測序 (Targeted Bisulfite Sequencing)甲基化DNA免疫沉淀測序 (MeDIP-seq)氧化-重亞硫酸鹽測序 (oxBS-seq)TET-重亞硫酸鹽測序(TAB-seq)5hmC-Seal,超高靈敏度的羥甲基化檢測羥甲基化免疫共沉淀測序 (hMeDIP-seq)DNA 6mA免疫沉淀測序 (6mA-IP Seq)甲基化專題RNA修飾研究專題免疫印跡(Western-blot)技術(shù)服務(wù)定量Western檢測Simoa單分子免疫分析qPCRCNVSNPPGM測序PCR array數(shù)字PCR精準(zhǔn)檢測ATAC-SeqChIP-SeqRIP-Seq基因調(diào)控Ribo-seq核糖體印跡測序技術(shù)Active Ribo-seq活躍翻譯組測序技術(shù)翻譯組數(shù)據(jù)分析數(shù)據(jù)庫構(gòu)建數(shù)據(jù)價值提升10x官方發(fā)布樣本準(zhǔn)備樣本要求樣本取材以及樣本編號技巧精簡版細(xì)胞庫組織庫動物模型轉(zhuǎn)錄組樣本準(zhǔn)備蛋白組樣本準(zhǔn)備代謝組樣本準(zhǔn)備Hi-C單細(xì)胞與空間轉(zhuǎn)錄組單細(xì)胞懸液外泌體Raybiotech蛋白芯片Simoa樣本準(zhǔn)備PBA單外泌體樣本準(zhǔn)備ASA基因分型芯片樣本準(zhǔn)備NULISA超靈敏蛋白組樣本準(zhǔn)備Olink 精準(zhǔn)蛋白組樣品準(zhǔn)備CyTOF質(zhì)譜流式樣本準(zhǔn)備樣本準(zhǔn)備要求表單留言板SaaS 幫助搜索Mac谷歌瀏覽器2019國自然基金查詢生信相關(guān)工具集合數(shù)據(jù)分析項(xiàng)目信息單提交資料分享核酸抽提產(chǎn)品資料轉(zhuǎn)錄組軟件教學(xué)視頻微生物多樣性軟件教學(xué)視頻Lexogen產(chǎn)品培訓(xùn)視頻Olink精準(zhǔn)蛋白組學(xué)專題在線學(xué)習(xí)空間轉(zhuǎn)錄組文獻(xiàn)PBA單外泌體蛋白組文獻(xiàn)NULISA微量蛋白檢測文獻(xiàn)OLINK精準(zhǔn)蛋白組文獻(xiàn)項(xiàng)目進(jìn)度個人中心會員登錄會員注冊購物車聯(lián)系我們公眾號手機(jī)商城公司愿景知識分享文獻(xiàn)展示
當(dāng)前位置
項(xiàng)目簡介
樣本要求
研究方案
應(yīng)用案例
空間代謝組學(xué)

空間代謝組在解吸電噴霧電離質(zhì)譜成像(DESI-MSI)技術(shù)上進(jìn)一步升級,形成了空氣動力輔助離子化解吸電噴霧電離質(zhì)譜成像(AFAI-MSI)技術(shù)。利用空氣流與傳輸管對帶電液滴進(jìn)行遠(yuǎn)距離傳輸,傳輸管中的帶電液滴在高速氣流和電壓的作用下進(jìn)一步脫溶劑、富集、離子化,繼而提高檢測靈敏度,同時擴(kuò)展了待測樣品的空間和操作靈活性,不僅適用于單一組織樣本,也適合于大體積樣品的遠(yuǎn)距離離子采集和成像分析。


空間代謝組學(xué)空間代謝組學(xué)   


圖 | AFADESI-MSI空間代謝組技術(shù)原理圖




技術(shù)流程

1)在電噴霧毛細(xì)管噴嘴上施加一定高電壓,噴霧溶劑從霧化器的內(nèi)套管中流出,由外套管中噴出的高壓氮?dú)庋杆賹婌F溶劑霧化形成帶電噴霧液滴;

2)噴出的高速帶電液滴轟擊待測樣品表面,在溶劑萃取作用下樣品同時被解吸與電離;

3)含有被測樣品的帶電液滴迅速發(fā)生去溶劑化作用,從質(zhì)譜分析器的采集錐孔進(jìn)入分析器并被檢測;

4)樣品固定在承載平臺,連續(xù)或脈沖移動承載平臺對樣品進(jìn)行二維掃描;

5)同時質(zhì)譜儀記錄質(zhì)譜信號強(qiáng)度獲得樣品表面的分子及其含量;

6)這些信息通過質(zhì)譜圖像分析軟件轉(zhuǎn)換后,即可獲得選擇離子或離子群的二維空間強(qiáng)度分布圖。

技術(shù)特點(diǎn)


1)高靈敏度:靈敏度可達(dá)pg級別


空間代謝組學(xué)

含量為pg級的硫苷脂類代謝物在大鼠腦的成像圖


2)寬動態(tài)范圍:數(shù)量級103


空間代謝組學(xué)

甘油磷脂酰膽堿在大鼠腎組織不同區(qū)域呈3個數(shù)量級梯度差異


3)高覆蓋度:涵蓋多種類型小分子代謝物


膽堿類、多胺類、氨基酸類、肉堿類、核苷類、核苷酸類、有機(jī)酸類、碳水化合物類、膽固醇類、膽酸類、脂質(zhì)類等多種類代謝物。


空間代謝組學(xué)


4) 高特異性


高分辨分析器+強(qiáng)分辨力軟件

實(shí)現(xiàn)m/z 相近代謝物的準(zhǔn)確識別

Δm/z =0.001


空間代謝組學(xué)


大鼠腎臟中m/z相近代謝物的空間成像


5)高異質(zhì)性


實(shí)現(xiàn)組織結(jié)構(gòu)和功能

代謝物的識別與特征分布

空間代謝組學(xué)

人食管癌組織中代謝物的高異質(zhì)性空間分布



優(yōu)勢


1、項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)

小鼠/大鼠:腦、腎、心、肝、脾、脊髓、垂體、胰腺、皮膚、整只小鼠/大鼠

腫瘤組織:食管癌、甲狀腺癌、肺癌、乳腺癌、胃癌、腦膠質(zhì)瘤、鼻咽癌、皮膚癌、肝癌

植物組織:根、種子


2、硬件支持

服務(wù)行業(yè)**臺自有AFAI-MSI,獲得多項(xiàng)發(fā)明專利

Thermo QE 高分辨質(zhì)譜

空間分辨率(100um*100um、20um*20um)+高質(zhì)量分辨率:儀器持續(xù)升級


3、發(fā)明專利

3項(xiàng)授權(quán)發(fā)明專利、1項(xiàng)軟件著作權(quán)、申請發(fā)明專利10項(xiàng);

CISILE 2019自主創(chuàng)新金獎,2019 CAIA特等獎;


部分授權(quán)專利

1. 敞開式噴霧場解吸離子化方法及離子化裝置,發(fā)明專利,授權(quán)號:ZL 2007 1 0303649.0

2. 質(zhì)譜成像平臺裝置及其控制方法,發(fā)明專利,授權(quán)號 :ZL 2012 1 0055424.9

3.一種離子源溫控加熱裝置,發(fā)明專利,授權(quán)號:ZL 2012 1 0348043.X

4. 一種用于生物組織質(zhì)譜成像的離子傳輸裝置,實(shí)用新型專利,授權(quán)號 :ZL 201520580709.3


數(shù)據(jù)庫支持

空間代謝組學(xué)自建數(shù)據(jù)庫:SmetDB、SmetPB

SmetDB針對人和動物,目前含4000+物質(zhì),涵蓋氨基酸、脂質(zhì)、核苷酸、碳水化合物、維生素和輔助因子、激素等物質(zhì);

SmetPB目前針對植物,含有6000+物質(zhì),涵蓋生物堿類、酚酸類、黃酮類、香豆素類、苯丙素類、木脂素、萜類等10大類代謝物;


軟件支持

基于大數(shù)據(jù)與人工智能的MassImager質(zhì)譜成像處理軟件


5、服務(wù)支持

學(xué)術(shù)支持:賀玖明教授,國內(nèi)最早開發(fā)空間代謝組學(xué)方法的科學(xué)家之一

PNAS、Theranostics、Advanced Science、AC等雜志發(fā)表文章10余篇(見參考文獻(xiàn))


技術(shù)流程

空間代謝組學(xué)




儀器設(shè)備

空間代謝組學(xué)

樣本準(zhǔn)備指南


1、樣本類型


未經(jīng)過福爾馬林浸泡、HE染色,熒光標(biāo)記等處理的新鮮組織樣本。

5mm*2mm~2cm*4cm,大至整只大鼠/小鼠(15cm*10cm)。常規(guī)樣本大小為1cm3左右。


2、送樣準(zhǔn)備


1)實(shí)驗(yàn)前準(zhǔn)備


預(yù)冷生理鹽水

50mL離心管中

封口膜或保鮮膜、錫箔紙、干冰、液氮、濾紙片、鑷子、記號筆等;


2)樣本處理流程

   空間代謝組學(xué)


3)送樣流程


干冰寄送時,將樣本盒埋沒于干冰中,保證其上下都有干冰覆蓋;

干冰的量根據(jù)每天4公斤來計算,使用厚實(shí)(2cm以上厚度)的泡沫箱寄送。


4)送樣注意事項(xiàng)


在允許的條件下,建議多準(zhǔn)備一份樣品作為備用;

樣本質(zhì)量是影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果的最關(guān)鍵因素,因此在采集、制備、貯存、運(yùn)輸過程中應(yīng)盡可能地做到迅速,**限度的縮短樣本從采集到實(shí)驗(yàn)的時間。

應(yīng)用領(lǐng)域

醫(yī)學(xué)領(lǐng)域:


1)疾病分子機(jī)制,如阿爾茨海默癥、抑郁、腦缺血、糖尿病、心血管疾病等;

2)生殖發(fā)育學(xué),如胚胎、器官發(fā)育過程中代謝調(diào)控和代謝表型等;

3)腫瘤代謝與腫瘤免疫,如腫瘤代謝微環(huán)境與腫瘤免疫逃逸等;

4)腫瘤分子病理診斷、分子分期/分型、生物標(biāo)志物篩選等;

5)腫瘤耐藥與精準(zhǔn)用藥研究等;

6)環(huán)境毒理學(xué),如環(huán)境污染物的體內(nèi)毒性效應(yīng)和分子機(jī)制等;

7)新藥藥理和毒理,如藥物的空間分布和體內(nèi)效應(yīng)和分子機(jī)制等;


農(nóng)林牧漁領(lǐng)域:

1)發(fā)育學(xué),如種子、胚胎、器官發(fā)育過程中的空間代謝調(diào)控等;

2)分子機(jī)制,如鹽脅迫、病毒/真菌侵染、光合作用等機(jī)制研究;

3)基因調(diào)控機(jī)制,如轉(zhuǎn)基因、基因沉默、基因敲除后代謝物變化的機(jī)制研究,了解基因與代謝物之間的精確關(guān)系等

4)植物與環(huán)境互作研究,如昆蟲選擇性侵害植物部位、土壤與根部互作研究等;

5)植物藥用成分定位。


AFAI-MSI空間代謝組的高靈敏度和高覆蓋度

中文標(biāo)題:一種高靈敏和高覆蓋度用于檢測基于分子組織學(xué)的功能代謝物的環(huán)境質(zhì)譜成像方法

研究對象:大鼠腎臟組織、大鼠腦組織、人食管癌組織

技術(shù)平臺:AFAI-MSI


摘要:


功能代謝物與組織結(jié)構(gòu)和生物功能之間有著深刻的聯(lián)系,通過空間代謝組學(xué)提供代謝物的原位信息,在分子水平上從本質(zhì)上揭示組織中發(fā)生了什么。然而,由于組織樣品的復(fù)雜性、異質(zhì)性以及存在大量不同的代謝物,但對于那些低豐度的功能性代謝物進(jìn)行空間定位仍然是一個挑戰(zhàn)。本研究,介紹了一種靈敏的氣流輔助解吸電噴霧電離質(zhì)譜成像方法,用于獲得多種代謝物的空間成像。該技術(shù)具有覆蓋范圍廣、靈敏度高、動態(tài)范圍寬、分析過程快速、組織代謝物成像特異性高等特點(diǎn)。鑒定到1500多種代謝產(chǎn)物,包括膽堿、多胺、氨基酸、肉堿、核苷、核苷酸、氮堿基、有機(jī)酸、碳水化合物、膽固醇硫酸鹽、膽酸、脂類等。該技術(shù)可以在非靶向分析中實(shí)現(xiàn)代謝物的空間可視化。代謝物的空間分布與異種移植的大鼠腎、大鼠腦和人食管癌的組織學(xué)結(jié)構(gòu)和生物功能具有良好的空間匹配性。這種方法能夠全面展示組織中的代謝物分布,并為組織學(xué)檢查中的結(jié)構(gòu)和功能分子識別,甚至為術(shù)中決策提供了一種有洞察力的方法。


結(jié)果展示

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  高靈敏度:含量為pg級的硫苷脂類代謝物在大鼠腦的成像圖


寬動態(tài)范圍:動態(tài)范圍在103數(shù)量級的甜菜堿及其同位素離子在大鼠腎臟的成像圖


{xunruicms_img_title}

高特異性:三種m/z非常相近的代謝物 (m/z 369.0229;m/z 369.0998;m/z 369.2297)在大鼠腎臟中具有特異性分布



高異質(zhì)性:大鼠腦中m/z 808.5143,m/z 369.5557的空間成像圖呈現(xiàn)組織結(jié)構(gòu)分布的互補(bǔ)