產品介紹：
簡單序列重復(Simple Sequence Repeats)，又名SSR是一類由幾個核苷酸（一般為1~6個）為重復單位組成的長達幾十個核苷酸的串聯重復序列。SSR分子標記是近年來發展起來的一種以特異引物PCR為基礎的分子標記技術。通過對樣本基因組中SSR標記等DNA多態性的分析，可以得到樣本DNA序列在遺傳性狀上的調控和差異，由于SSR標記在真核生物基因組中分布廣，多態性豐富，具有很好的穩定性，通常為顯性標記且符合孟德爾式遺傳規律，信息量高等特點，因此被廣泛應用于遺傳圖譜構建、目標基因標定，指紋圖的繪制等研究中。
基于高通量測序技術，可針對全基因組范圍進行SSR分子標記開發。
分析流程：
分析示例：
各類型SSR統計：
SSR引物設計
ID | SSR nr. | SSR type | SSR | size | start | end | FORWARD PRIMER1 (5'-3') |
TRINITY_DN41187_c0_g1 | 1 | p2 | (CA)14 | 28 | 218 | 245 | CTCTGGCGTGTGCTTATTGC |
TRINITY_DN41152_c0_g1 | 1 | p1 | (A)12 | 12 | 615 | 626 | GCGGCTTCTCTAACACTGGA |
TRINITY_DN41133_c0_g1 | 1 | c | (AG)6g(A)14 | 27 | 330 | 356 | TTCTGGAAGATTGCCAGGGG |
…… |
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Tm | REVERSE PRIMER1 (5'-3') | Tm | PRODUCT1 size (bp) | start (bp) | end (bp) |
59.902 | CTCAGGTTGATGAGCCACGT | 60.037 | 275 | 88 | 362 |
59.753 | TCTGTGTGTGCATGTTGACA | 57.964 | 238 | 484 | 721 |
59.667 | AGTGATGATTGGCAGTTTGGC | 59.453 | 232 | 180 | 411 |
…… |
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