產(chǎn)品介紹：

細(xì)菌基因組測序，可分為細(xì)菌基因組掃描、細(xì)菌基因組完成圖和細(xì)菌基因組重測序。

細(xì)菌基因組掃描，即通過高通量測序技術(shù)，對已有參考基因組或無參的細(xì)菌樣本進(jìn)行測序，獲得細(xì)菌基因組框架圖的研究。并可基于細(xì)菌基因組框架圖開展基因功能注釋、比較基因組學(xué)及泛基因組研究。

細(xì)菌基因組完成圖測序，即從頭測序，是指不需要任何現(xiàn)有的序列信息就可以對某個細(xì)菌物種進(jìn)行測序，利用生物信息學(xué)分析手段對序列進(jìn)行拼裝，從而獲得該細(xì)菌物種的基因組序列。并可基于細(xì)菌基因組完成圖開展基因功能注釋、比較基因組學(xué)及泛基因組研究。

細(xì)菌基因組重測序，基于已知參考基因組的細(xì)菌物種進(jìn)行高通量測序研究，一般重點(diǎn)關(guān)注基因組變異（SNP、InDel等）情況，亦可進(jìn)行群體研究。可關(guān)注大量的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)（SNP）、插入缺失（InDel, Insertion/Deletion）、結(jié)構(gòu)變異（Structure Variation，SV）等變異信息。

細(xì)菌基因組測序可以預(yù)測重要基因和蛋白以了解其功能和可能機(jī)制，已取代傳統(tǒng)方法成為研究細(xì)菌進(jìn)化遺傳機(jī)制、關(guān)鍵功能基因的重要工具。

技術(shù)優(yōu)勢：

細(xì)菌基因組完成圖項目，業(yè)內(nèi)率先提出0N，0gap交付指標(biāo)，并可實現(xiàn)多質(zhì)粒細(xì)菌的質(zhì)粒基因組研究、針對多質(zhì)粒、異常GC含量及較大（genome size >=6Mb）的細(xì)菌基因組提供高水平交付，并可提供比較基因組學(xué)、泛基因組學(xué)等多層次深入研究個性化解決方案，是您細(xì)菌基因組研究的不二之選。

技術(shù)策略：

技術(shù)流程：

細(xì)菌基因組掃描項目分析流程

細(xì)菌基因組精細(xì)圖項目分析流程

送樣要求：

Total DNA≥20 μg；濃度≥20 ng/μL ；純度OD260/280在1.8-2.0之間

DNA完整無降解，無RNA、蛋白質(zhì)、多糖等污染。

分析示例：

細(xì)菌基因組圈圖   多質(zhì)粒基因組圈圖

病原-宿主互做注釋:

GI島預(yù)測：

比較基因組直系同源基因venn圖：

系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建：

cgMLST菌株高精度分型及群體進(jìn)化分析：

比較基因組群體共線性分析：

項目經(jīng)驗（部分客戶文章）：

1. Emergence of plasmid-mediated oxazolidinone resistance gene poxtA from CC17 Enterococcus faecium of pig origin.Journal of Antimicrobial Chemotherapy (IF=5.113)， 2019.

2. An angular dioxygenase gene cluster responsible for the initial phenazine -1- carboxylic acid degradation step in Rhodococcus sp. WH99 can protect sensitive organisms from toxicity. Science of the Total Environment (IF=5.589)， 2019.

3. Characterization of a Linezolid- and Vancomycin-Resistant Streptococcus suis Isolate That Harbors optrA and vanG Operons. Frontier in Microbiology(IF=4.259)， 2019.

4. Biosynthesis of ilamycins featuring unusual building blocks and engineered production of enhanced anti-tuberculosis agents. Nature Communications (IF=12.353)， 2017.

5. Deciphering the sugar biosynthetic pathway and tailoring steps of nucleoside antibiotic A201A unveils a GDP-L-galactose mutase. PNAS (IF=9.423), 2017.